園外共設有4個水門，其昌棧、秦皇島路、十六鋪水門以團體為主，散客為輔，現場不設售票點，東昌路水門以散客為主。園內三個水門(稱M1、M2 、M3)分別緊鄰園內L1 、L2 、L6輪渡碼頭。水門航線共配備13艘450或300客位的世博遊覽船和6艘500客位的客渡船。
4條入園水門航線，分別為秦皇島路水門至園內M2碼頭、其昌棧水門至園內M1碼頭、十六鋪水門至園內M1、M2、M3碼頭、東昌路水門至園內M1碼頭。其中，秦皇島路水門入園航線運營時間為8:00—12:00，航班間隔30分鐘；其昌棧水門入園航線運營時間為8:00—11:30，航班間隔30分鐘；十六鋪水門入園航線上午運營時間為8:00—11:20，航班間隔20分鐘，下午運營時間為16:15—16:45，航班間隔15分鐘；東昌路水門入園航線上午運營時間為8:00—11:20，航班間隔20分鐘，下午運營時間為16:30—17:30，航班間隔30分鐘。
3條離園水門航線，分別為M1碼頭至十六鋪水門，M2碼頭至十六鋪水門，M3碼頭至十六鋪水門，離園航線以浦江觀光為主，航行時間80分鐘，基本票價60元。